Руководящий орган — Центральный Совет.
Председатель партии — Владимир Николаевич Плотников.
Аграрная партия России (АПР) создана по инициативе Всероссийского совета по делам колхозов и других форм хозяйствования, парламентской фракции «Аграрный союз» Верховного Совета РСФСР, Аграрного союза России и профсоюза работников агропромышленного комплекса России.
В 1992 году на третьем съезде Всероссийского совета по делам колхозов и других форм хозяйствования был образован Оргкомитет по созданию Аграрной партии России.
Учредительный съезд состоялся через год, 26 февраля 1993 в совхозе «Московский». В съезде участвовало 219 делегатов от 46 регионов, в число которых входили специалисты сельского хозяйства, руководители сельскохозяйственных предприятий всех форм собственности и другие работники и жители села.
На съезде были избраны Центральный Совет (ЦС) партии, в который вошли 52 представителя региональных организаций (еще около 50 мест было зарезервировано за новыми организациями) и правление из 22 человек. Председателем партии был избран народный депутат РСФСР Михаил Лапшин.
Заместителями председателя АПР были избраны Николай Харитонов (народный депутат РСФСР от Новосибирской области, председатель АО «Галинское»), Анатолий Воронцов, Василий Крылов, Анатолий Бирюков и Александр Михайлов.
Устав АПР зарегистрирован Министерством юстиции Российской Федерации 9 апреля 1993 (Рег.N1647).
17 октября 1993 состоялся II (внеочередной) съезд АПР, в котором участвовало 100 делегатов из 51 региона. Съезд утвердил избирательный список партии.
На выборах 12 декабря 1993 за АПР проголосовали 4.292.518 избирателей по общефедеральному округу (7,99%), в результате чего партия заняла 4-е место и получила по пропорциональной системе 21 депутатский мандат. Еще 16 кандидатов от АПР и несколько сочувствующих были избраны в Государственную Думу по территориальным мажоритарным округам. Два члена партии - Владимир Сидоренко (Псковская область) и Василий Стародубцев (Тульская область) стали депутатами Совета Федерации.
13 января 1994 была зарегистрирована фракция АПР в Государственной Думе в составе 55 депутатов (21 избранный по общефедеральному списку, 34 — по одномандатным округам). Позже численность фракции сократилась до 54 депутатов. Председатель фракции — Михаил Лапшин, секретарь — Николай Харитонов.
Председателем Государственной Думы первого созыва стал член Аграрной партии Иван Рыбкин.
В утвержденном 17 января 1994 г. коалиционном списке фракция АПР получила должности председателей комитетов по законодательству (Владимир Исаков) и по аграрной политике (Александр Назарчук).
В работе III съезда АПР 26-27 октября 1994 г. участвовало более 800 делегатов из 77 регионов РФ. Съезд вновь избрал председателем М.Лапшина, избрал 5 его заместителей и Центральный Совет, состоящий из 154 человек, представляющих 55 региональных организаций. На состоявшемся сразу же пленуме ЦС АПР был избран новый состав правления. Съезд также одобрил политическую линию, принял новую программу партии и уточнения в уставе.
27 октября 1994 г. член правления АПР А.Назарчук был назначен министром сельского хозяйства (оставался им до конца 1995 г.).
На состоявшемся 26 мая 1995 г. пленуме ЦС АПР был одобрен проект предвыборной платформы избирательного объединения АПР, подтверждено решение о самостоятельном участии аграриев в парламентских выборах — с оговоркой, что в одномандатных округах представители АПР будут заключать соглашения с КПРФ и другими представителями левых сил.
В июне 1995 г. АПР отвергла предложения Ивана Рыбкина идти на выборы в составе единого «левоцентристского блока».
На состоявшемся 5 сентября 1995 г. IV (внеочередном) съезде Аграрной партии России был утвержден общефедеральный список избирательного объединения «АПР». Съезд также утвердил предвыборную платформу, а также принял решение о выводе из Правления АПР И.Рыбкина (который, однако, остался рядовым членом партии до марта 1996).
На выборах в Государственную Думу 17 декабря 1995 г. АПР не преодолела 5-процентный барьер, получив 2.613.127 голосов (3,78%).
По мажоритарным округам в Государственную Думу прошло 20 выдвиженцев АПР. Совместно с КПРФ, делегшировавшей своих депутатов, аграрии сформировали в Думе Аграрную депутатскую группу (АДГ, 37 депутатов), руководителем которой стал Н. Харитонов.
На президентских выборах 1996 года АПР поддерживала кандидатуру Геннадия Зюганова.
В августе 1996 г. Аграрная партия вошла в Народно-Патриотический союз России (НПСР).
На V съезде АПР, прошедшем 22-23 марта 1997 г., былподтверждены полномочия председателя партии М.Лапшина, а также избран новый состав руководящих органов партии.
На VI съезде АПР 26 февраля 1998 года была принята новая редакция партийного устава. На съезде были вновь подтверждены полномочия: председателя АПР М. Лапшина, его заместителей, членов Центрального Совета и Правления ЦС, председателя и членов ЦКРК.
В июне 1998 председатель АПР М. Лапшин был избран депутатом Государственной Думы на выборах по вакантному округу в Горном Алтае.
Осенью 1998 г. АПР приняла участие в формировании правительственного кабинета во главе с Евгением Примаковым, АПР получила пост вице-премьера, который занял Геннадий Кулик.
1 октября 1998 г. на пленуме Центрального Совета АПР принято решение выступать на парламентских выборах 1999 г. самостоятельно и приступить к формированию списков кандидатов по партийным спискам и одномандатным округам.
20 марта 1999 г. VII съезд АПР одобрил решение участвовать в выборах в Думу в декабре 1999 года самостоятельным списком. М. Лапшин переизбран председателем партии.
Убедившись в неспособности КПРФ сколь нибудь эффективно влиять на ситуацию в сельском хозяйстве, на съезде АПР в августе 1999 г., рассмотрев и одобрив предвыборную платформу Евгения Примакова, было принято решение войти в возглавляемый им предвыборный блок “Отечество” - “Вся Россия”. Несогласная с этим группа Н. Харитонова покинула съезд и заявила о намерении идти в Думу по списку КПРФ или блока «За победу!».
24 марта 2001 года состоялся IX отчетно-выборный съезд АПР, который подвел итоги проделанной работы и избрал новый состав руководящих органов партии. Председателем АПР был избран Михаил Лапшин. Съезд избрал также Центральный Совет в количестве 182 человек. На организационном пленуме ЦС АПР избрано Правление ЦС и заместители Председателя в количестве 7 человек.
После вступления в силу федерального Закона “О политических партиях” в декабре 2001 г. состоялся Х (преобразовательный) съезд. Делегаты приняли решение о придании статуса политической партии общероссийской общественной организации “Аграрная партия России”. Съезд избрал Председателем партии М. Лапшина и новый состав Центрального Совета в количестве 195 человек.
31 мая 2002 г. АПР получала официальную регистрацию в Министерстве юстиции РФ как политическая партия (свидетельство № 5025).
На ноябрьском 2002 года Пленуме Центрального Совета АПР были подведены итоги преобразования АПР в политическую партию и принято решение о самостоятельном участии в выборах в Государственную Думу ФС РФ 4-го созыва.
1 марта 2003 г. прошли торжественные мероприятия, посвященные 10-летию АПР. В адрес партии поступили поздравления от политических организаций России, СНГ и Европы.
Пленум ЦС АПР, состоявшийся 31 мая 2003 г., принял решение идти на выборы в Госдуму 4-го созыва самостоятельно.
9 сентября 2003 года на XI внеочередном съезде Аграрной партии России принята предвыборная платформа и утвержден список кандидатов в депутаты Государственной Думы. В центральный список были включены 17 кандидатов, который возглавили Лапшин М.И., Назарчук А.Г., Чепа А.В. Состав списка, порядок его формирования вызвал на съезде бурную дискуссию, критическую волну в региональных отделениях, что не могло не сказаться на результатах выборов.
На выборах 7 декабря 2003 года АПР смогла получить только 2,2 млн. голосов, или 3,64% от общего числа проголосовавших. От АПР в Государственную Думу прошли только два депутата: Плотников В.Н. и Харитонов Н.М.
8 апреля 2004 года – XII-й отчетно-выборный съезд АПР. Делегаты бурно и остро обсуждали ситуацию в партии, результаты выборов в Государственную Думу России. На съезде тайным голосованием Председателем АПР был избран Плотников В.Н. Съезд принял решение провести второй этап работы осенью 2004 года, подготовив изменения и дополнения в Программу партии и Устав.
9 октября 2004 года в Москве состоялся второй этап XII съезда АПР, на котором были приняты изменения и дополнения в Программу и Устав АПР.